中央生态环境保护督察一般包括督察准备、督察进驻、下沉督察、督察报告、督察反馈、整改落实等6个程序。

1、督察准备

督察准备督察准备工作主要包括5个事项：

一是向党中央、国务院有关部门和单位了解被督察对象的有关情况及其问题线索；

二是组织开展必要的摸底排查；

三是确定组长、副组长人选，组成中央生态环境保护督察组，开展动员培训；

四是制定督察工作方案；

五是印发督察进驻通知，落实督察进驻各项准备工作。

中央生态环境保护督察进驻时间，一般根据具体督察对象和督察任务确定。根据已经开展的第一轮和第二轮中央生态环境保护督察进驻时间来看，一般是一个月时间。

2、督察进驻

在督察进驻期间工作主要包括6个方面：

一是听取被督察对象工作汇报和有关专题汇报；

二是与被督察对象党政主要负责人和其他有关负责人进行个别谈话；

三是受理人民群众生态环境保护方面的信访举报；

四是调阅、复制有关文件、档案、会议记录等资料；

五是对有关地方、部门、单位以及个人开展走访问询；

六是针对问题线索开展调查取证，也可以责成有关地方、部门、单位以及个人就有关问题做出书面说明。

在督察进驻期间，督察组还可以召开座谈会，列席被督察对象有关会议。

3、下沉督察

在督察进驻期间，督察组还可以组成若干个下沉督察组，到被督察对象下属地方、部门或者单位开展下沉督察，并提请有关地方、部门、单位以及个人予以协助。各督察组会结合实际分别制定下沉督察工作方案并组织实施。

下沉督察是生态环境保护督察的重点环节，采取调阅资料、走访座谈、专项检查、现场抽查等督察方式开展。

各下沉督察组主要围绕聚焦生态环境保护重点难点问题线索，坚持问题导向，盯住中央高度关注、群众反映强烈、社会影响恶劣的突出环境问题及其整改处理情况，坚守一线现场核实，不开动员会、不听取汇报，直奔县（区、市）开展现场核查，深入各街镇、工业园区、经济开发区实地察看。

各下沉督察组一般是白天看现场，晚上碰头研究情况、定计划，及时将发现的问题线索移交地方调查处理、立行立改，有序有力有效开展具体督察任务，将督察工作向纵深推进。

针对督察发现的突出问题，还可以视情对有关党政领导干部实施约见或者约谈。

4、督察报告

督察报告督察进驻结束后，督察组应当在规定时限内形成督察报告，如实报告督察发现的重要情况和问题，并提出意见和建议。

督察报告应当以适当方式与被督察对象交换意见，经中央生态环境保护督察工作领导小组审议后，报党中央、国务院。

5、督察反馈

督察报告经党中央、国务院批准后，由中央生态环境保护督察组向被督察对象反馈，指出督察发现的问题，明确督察整改工作要求。督察结果作为对被督察对象领导班子和领导干部综合考核评价、奖惩任免的重要依据，按照干部管理权限送有关组织部门和人事部门。

对督察发现的重要生态环境问题及其失职失责情况，督察组应当形成生态环境损害责任追究问题清单和案卷，按照有关权限、程序和要求移交中央纪委国家监委、中央组织部、国务院国资委党委或者被督察对象。

对督察发现需要开展生态环境损害赔偿工作的，移送省、自治区、直辖市政府依照有关规定索赔追偿；需要提起公益诉讼的，移送检察机关等有权机关依法处理。

对督察发现涉嫌犯罪的，按照有关规定移送监察机关或者司法机关依法处理。

6、整改落实

被督察对象应当按照督察报告制定督察整改方案，在规定时限内报党中央、国务院。  

被督察对象应当按照督察整改方案要求抓好整改落实工作，并在规定时限内向党中央、国务院报送督察整改落实情况。

中央生态环境保护督察办公室应当对督察整改落实情况开展调度督办，并组织抽查核实。对整改不力的，视情采取函告、通报、约谈、专项督察等措施，压实责任，推动整改。

督察组还要加强边督边改工作。对督察进驻过程中人民群众举报的生态环境问题，以及督察组交办的其他问题，被督察对象应当立行立改，坚决整改，确保有关问题查处到位、整改到位。